Avec la saison 6 commence une série de plusieurs saisons où 25 épisodes seront diffusés. Devant la somme de travail que requiert la production de saisons aussi chargées, un épisode spécial sera produit chaque année, généralement un clip show. Dans la saison 6, c'est l'épisode L'amour à la Simpson qui sera diffusé. Depuis la saison 2, par souci d'économie, il arrivait régulièrement que l'équipe reprenne de brefs extraits tirés d'anciens épisodes et les dissémine dans les nouveaux, par souci d'économie. Mais l'amour à la Simpson pousse cette pratique à l'extrême, comme Lisa le souligne dans une réplique clin d'oeil au spectateur. Cependant, les saisons suivantes utiliseront de moins en moins ce procédé.
Durant cette saison, Matt Groening va avoir un différent avec James L. Brooks, le producteur exécutif, qui va rapidement être suivi par les médias. 3 épisodes de cette saison étaient produits par une équipe différente de celle de Groening, l'équipe de "The Critic" ("Profession critique" en français, qui fut diffusée sur Canal+ en 1995). Dans l'épisode Burns fait son cinéma, Brooks et son équipe ont fait apparaître Jay Sherman, le personnage principal de Profession critique, pour faire une sorte de promotion de sa série qui a pourtant été déprogrammée l'année d'avant, faute d'audience. Matt Groening ne l'a pas du tout apprécié jugeant que ça n'avait aucun rapport avec les Simpson et a retiré son nom du générique de cet épisode. Heureusement, les relations entre Matt et celui qui l'a rendu célèbre se sont améliorées par la suite.
Aux Etats-Unis, la diffusion de la série passe, en cette saison 6, du jeudi soir au dimanche soir. Elle reste aujourd'hui encore diffusée le dimanche.
L'évènement de la saison, c'est l'épisode Qui a tiré sur monsieur Burns, dont l'idée originale vient de Matt Groening lui-même. Il s'agit du dernier épisode de la saison, qui se termine en plein suspense, le spectateur devant attendre presque 4 mois le début de saison 7 pour avoir la solution de l'énigme. L'équipe a lancé un concours avec un prix pour la personne qui trouverait la solution, en s'aidant des indices laissés dans l'épisode. En 2005, le producteur exécutif David Mirkin et le scenariste John Weinstein révéleront que sur internet, un étudiant avait donné la bonne réponse une heure après la diffusion, mais qu'ils n'ont jamais pu le retrouver. A noter qu'il s'agit encore aujourd'hui du seul épisode des Simpson en deux parties. En France, Canal + s'arrangera pour diffuser les deux parties avec une semaine d'écart.
Nouvelle controverse pour la série, dans cette saison, pour la première fois, toute la famille Simpson voyage en dehors de l'amérique, dans Bart contre l'Australie. Les plaisanteries et clichés sur ce pays provoqueront un mécontentement des fans dans ce pays. Le staff des Simpson recevra plus d'une centaine de lettres d'insultes venue d'Australie !
Signalons qu'à partir de cette saison 6, Martine Meiraghe qui doublait notamment Edna Krapabell et Ruth Powers quitte la série et laisse sa place à Régine Teyssot. Le changement n'est pas très important, vu que les voix se ressemblement. Il est également justifié étant donné que Martine Meiraghe doublait vraiment peu, soit un temps important passé en studio pour peu de lignes à lire.
¿ Que se passe-t-il dans la saison ?
Deux utilisations d'un téléscope par Bart ne sont pas sans conséquences : Il est persuadé d'avoir vu Ned Flanders tuer sa femme, et pire encore, il découvre une comète succeptible de réduire Springfield en cendres. Lisa rencontre Allison, une autre fille intelligente et partageant son goût pour la musique, mais elle perd une de ses grandes influences musicales, son ami Murphy "Gencives Sanglantes". Marge travaille en dehors de la maison pour la deuxième fois de sa vie, cette fois, elle devient officier de police ! Homer devient le chef de l'ancienne confrérie des Tailleurs de Pierre, des intentions pourtant nobles vont faire fuir tous les membres. Mais toute la ville sera encore plus acharnée contre lui, lorsqu'il sera accusé, à tort, de harcèlement sexuel.
Le passé de la famille est beaucoup exploré, l'enfance d'Homer et ses relations avec son père dans La potion magique, l'enfance de Marge qui a conduit à sa peur de l'avion, et la naissance de Maggie dans Et avec Maggie ça fait trois. Mais pour la première fois, on découvre également leur futur, une voyante révèle à Lisa son mariage, quinze ans plus tard. Enfin, la rivalité exacerbée entre Springfield avec Shelbyville, évoquée très souvent dans les saisons suivantes, commencera véritablement dans cette saison, dans l'épisode Le citron de la discorde.